Chương trình hành động của Bộ TN&MT giai đoạn 2016 - 2020, lĩnh vực tài nguyên nước mục tiêu hướng tới đẩy mạnh hợp tác, chia sẻ nguồn nước xuyên biên giới; công tác quy hoạch, quan trắc, giám sát tài nguyên nước, nâng cao hiệu quả công tác quản lý, bảo vệ, khai thác, sử dụng tổng hợp tài nguyên nước phục vụ phát triển kinh tế - xã hội bền vững, bảo đảm an ninh nguồn nước trong điều kiện nguồn nước ngày càng khan hiếm, nhu cầu sử dụng nước và sự suy giảm chất lượng nước ngày càng gia tăng, thích ứng với các tác động của BĐKH gây ra cho tài nguyên nước.

Xây dựng, hoàn thiện thể chế, chính sách pháp luật về tài nguyên nước: Hoàn thiện tiêu chuẩn, quy chuẩn, quy định kỹ thuật, định mức kinh tế kỹ thuật, đơn giá và thông tư hướng dẫn việc quản lý tài nguyên nước. Triển khai thực hiện chính sách tài chính trong lĩnh vực tài nguyên nước, gồm việc thu, quản lý, sử dụng tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước; chính sách ưu đãi các hoạt động đầu tư cung cấp nước sinh hoạt, thu gom, xử lý nước thải và các hoạt động sử dụng nước tiết kiệm, hiệu quả, cải thiện và nâng cao chất lượng nước; chính sách thu hút, huy động các nguồn lực tài chính từ mọi thành phần trong xã hội; chính sách bảo đảm hài hòa giữa trách nhiệm với lợi ích giữa khai thác với bảo vệ tài nguyên nước và chính sách xã hội hóa các hoạt động bảo vệ tài nguyên nước. Lập và tổ chức triển khai quy hoạch tổng thể điều tra cơ bản tài nguyên nước; kiểm kê tài nguyên nước; đánh giá, cảnh báo, dự báo tác động của biến đổi khí hậu đến tài nguyên nước. Xây dựng trình Thủ tướng Chính phủ ban hành Chiến lược quốc gia về tài nguyên nước đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050.
Xây dựng quy hoạch tài nguyên nước trên phạm vi cả nước, quy hoạch tài nguyên nước lưu vực sông liên tỉnh, nguồn nước liên tỉnh.
Tuyên truyền, phổ biến pháp luật, nâng cao nhận thức cộng đồng về tài nguyên nước: tập trung tuyên truyền phổ biến các chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước về tài nguyên nước và các quy định của pháp luật về tài nguyên nước; xây dựng và thực hiện Đề án Tuyên truyền phổ biến giáo dục pháp luật, nâng cao nhận thức cộng đồng trong quản lý, khai thác, sử dụng và bảo vệ tài nguyên nước.
Tăng cường thanh tra, kiểm tra trong lĩnh vực tài nguyên nước: Tổ chức triển khai thanh tra, kiểm tra hoạt động khai thác sử dụng tài nguyên nước và xả nước thải vào nguồn nước, công tác quản lý tài nguyên nước; việc chấp hành các quy định của pháp luật về tài nguyên nước tại một số cơ sở khai thác, sử dụng nước, xả nước thải vào nguồn nước, tình hình thực hiện quy trình vận hành liên hồ chứa trên lưu vực sông; theo dõi biến động nguồn nước, các hoạt động khai thác sử dụng nước ở ngoài biên giới phía thượng nguồn lưu vực sông Hồng, sông Mê Công.
Tăng cường điều tra cơ bản tài nguyên nước: Điều tra, đánh giá lập bản đồ tài nguyên nước tỷ lệ 1/100.000 cho 50% diện tích toàn quốc, tỷ lệ 1/50.000 cho các vùng khan hiếm nước, thiếu nước và tỷ lệ 1/25.000 cho một số vùng trọng điểm. Điều tra hiện trạng khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước trên phạm vi toàn quốc; xây dựng và vận hành được hệ thống thông tin cơ sở dữ liệu tài nguyên nước quốc gia đảm bảo việc chia sẻ dữ liệu giữa cơ quan quản lý và đơn vị quản lý vận hành. Ban hành mức thu đối với việc khai thác sử dụng thông tin dữ liệu tài nguyên nước, tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước; xây dựng và vận hành hệ thống mạng quan trắc nguồn nước xuyên biên giới.
Bảo vệ tài nguyên nước, khắc phục, hạn chế ô nhiễm, suy thoái, cạn kiệt nguồn nước: Thống kê, phân loại nguồn nước, công bố danh mục các nguồn nước bị ô nhiễm, suy thoái, cạn kiệt nghiêm trọng và danh mục các cơ sở khai thác, sử dụng nước, xả nước thải vào nguồn nước gây ô nhiễm, suy thoái, cạn kiệt nghiêm trọng nguồn nước. Triển khai thực hiện quy định về vùng bảo hộ vệ sinh, vùng cấm, vùng đăng ký khai thác nước dưới đất; xây dựng kế hoạch phục hồi nguồn nước liên tỉnh, liên quốc gia; cải tạo, phục hồi một số dòng sông, đoạn sông bị ô nhiễm, cạn kiệt nghiêm trọng.
Khai thác, sử dụng tài nguyên nước tiết kiệm, hiệu quả, bảo đảm sử dụng tổng hợp, đa mục tiêu: rà soát, hoàn chỉnh quy trình vận hành liên hồ chứa trên các lưu vực sông; 100% các hồ chứa lớn, quan trọng trên các lưu vực sông được vận hành theo cơ chế phối hợp liên hồ; xác định, công bố dòng chảy tối thiểu của 70% dòng chính các lưu vực sông lớn; điều tra, thống kê hiện trạng khai thác, sử dụng tài nguyên nước trên các lưu vực sông liên tỉnh. Kiểm soát được mức giảm lượng nước ngầm, nước mặt theo Quyết định số 432/QĐ-TTg ngày 12/4/2012 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Chiến lược phát triển bền vững Việt Nam giai đoạn 2011 - 2020.